中国农科院农经所朱晓峰同志负责的国家社会科学基金项目的最终成果是研究报告《农业剩余索取权结构性变动条件下调动农民生产积极性的政策研究》。这项成果认为，农村改革以来，农村基层政权农业剩余索取权的扩张，导致农民负担过重，使农民的生产积极性下降，抑制了农村发展，从而指出：调动农民生产积极性需要进行政治、经济和社会领域的配套协同改革，尤其要抓好如下几项工作：
一、下决心根本解决农村基层政权农业剩余索取权的扩张问题。首先，中央政府通过制定有关法规和政策，严格限制农村基层政权向农民和乡镇企业乱收费、乱罚款和乱摊派的权利。其次，全面推进农村基层政权的行政改革。精简乡镇政权机构，提高乡镇政权的工作效率。在强化乡镇政府财政支出约束的同时，调整乡镇政府的财政收入机制，从财政体制上解决乡镇政府办企业，以及通过加重农民负担来增加财政收入的问题。再次，健全农村基层民主制度。切实建立健全村民自治制度，提高农民参与政治决策的程度。加强农民对基层政权的监督，在由政府保障最低限度的农村公共品供给的条件下，赋予农民社区公共品生产的自决权。
二、积极推进农产品价格体制和流通体制以及农业宏观调控体制的改革。继续推进粮棉等主要农产品价格形成机制的改革，真正搞活农产品流通，尽快形成开放、统一、竞争、有序并且节省交易费用的农产品市场体系。在资源配置市场化和经济全球化背景下，加强农业的宏观调控，以防范国内及国际市场的价格波动风险，建立起适应发展社会主义市场经济要求的农业宏观调控体系。继续完善粮棉等主要农产品的保护价收购制度和国家粮棉储备调节制度，进一步增加国家对农业特别是农业科研和农业技术推广的投入，加强对农业生产资料价格的管理，对相关的国家财政补贴制度和政策进行改革，以提高国家财政补贴农业的效率。
三、改革农村现行的税费制度。在制度设置上把农村基层政权的政治性农业剩余索取权和社会性农业剩余索取权彻底分开。农村基层政权作为国家政权的组成部分，在与农民的经济关系上只有征税权，而不再有收费权。推进农村社区公共品供给制度的市场化改革。一方面要提高农村基层政权公共品生产决策的科学化程度，有针对性地建立健全社区公共品使用收费制度，以降低农村基层政权提供社区公共品的成本，改进农村基层政权提供社区公共品的效率。另一方面，鼓励非政府的民间经济协作组织提供农村社区公共品，大力促进农村社区公共品多元主体、多渠道竞争性供给局面的形成。
四、加强农村基层政权的现代化建设。显著增强农村基层政权为实现建设有中国特色社会主义新农村既定目标服务的能力，确保农村基层政权高效率地实施中央的农业和农村政策。合理设置乡镇一级政府的机构和功能，同时，大力提高村一级组织的自治程度。精简乡镇一级政府机构，解决班子过多，人浮于事的问题。加强村一级组织的民主化建设。健全和规范相关行政和法律程序，全面发展农村经济和政治民主。要认真搞好乡镇行政体制改革，坚决把不在编人员和在编冗员精减下来，大幅度降低农村基层政权的运行成本。
五、推进农村社会组织的创新。培育代表农民利益的民间社会组织，形成运作社区公共品自主契约化成本负担机制的组织载体。通过农村民间社会组织的发展化解国家与农民之间现实和潜在的冲突，转化农业现代化及乡村城市化进程中不利于调动农民生产积极性的因素，促进国家与农村社会良性互动关系的形成。首先，诱导和规范农村民间权利主体的变迁，使农民成为拥有独立的经济权利、平等的社会权利和政治权利的权利主体。其次，在促进农民作为独立权利主体发展的基础上，诱导农民联合起来，鼓励能增进农民经济利益的农村民间组织的成长。最后，通过制订法律和法规来引导并规范农村民间组织和社团的发展，使之适应建设有中国特色现代化的社会主义新农村的要求。
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